أصدرت لجنة الحادي عشر من سبتمبر تقريها النهائي حول تفاصيل ونتائج ومسؤولية أحداث الحادي عشر من سبتمبر في مجلد ضم 700 صفحة.
وفي ما يلي أهم النقاط الرئيسة في التقرير النهائي للجنة التحقيق، الذي يوجه انتقادات ويقترح توصيات:

الانتقادات
ــ (شكلت الهجمات صدمة، لكن ما كان يجب أن تكون مفاجأة. لقد أعطى متطرفون إسلاميون (...) إشارات كافية حول نواياهم قتل أمريكيين من دون تمييز وبأعداد كبيرة).

ــ (لم يشكل الإرهاب أبداً مصدر قلق اكبر للأمن القومي في عهد إدارتي (بيل) كلينتون و(جورج) بوش قبل هجمات الحادي عشر من سبتمبر').

ــ (لم يؤد أي قرار اتخذته الحكومة الأمريكية بين 1998 و2001م إلى مضايقة أو تأخير التقدم في تنفيذ اعتداءات القاعدة، في كل مراكز السلطة واجهت التصورات والتحرك الحكومي والقدرات والإدارة فشلاً).

ــ (بعد الاعتداء على المدمرة الأمريكية (كول) (في اليمن) في تشرين الأول (أكتوبر) 2000م كشف عدد متزايد من العناصر أن تنظيم القاعدة هو الذي شنه). لم يشأ الرئيس بيل كلينتون ولا خليفته جورج بوش التدخل في هذه المرحلة. (هذا دفع أسامة بن لادن إلى الاعتقاد على ما يبدو أن الهجمات، على الأقل تلك التي تتسم بخطورة الاعتداء على كول، لا تنطوي على مجازفات).

ــ (تملك وكالة الاستخبارات المركزية (سي آي إيه) الحد الأدنى من القدرات لشن عمليات شبه عسكرية بعناصرها الخاصة، ولم تسع إلى تعزيزها).

ــ (لم تكن وزارة الدفاع في أي وقت قبل هجمات 11 أيلول/سبتمبر معبأة بشكل كامل لتطويق القاعدة).
ــ (نقاط الضعف الأكثر خطورة كانت تكمن على المستوي الداخلي. لم يكن مكتب التحقيقات الفدرالي (أف بي أي) يملك القدرة على الربط بين المعلومات الجماعية التي يملكها عناصر على الأرض والأولويات القومية).

ــ (في نهاية آب (أغسطس) تنبه مسؤولون في أجهزة الاستخبارات أن مهاجمين رصدوا في جنوب شرق آسيا في كانون الثاني (يناير) 2000م، توجهوا إلى الولايات المتحدة). هذا الأمر واعتقال الفرنسي زكريا موسوي الذي كان يتلقى دروساً في الطيران (لم يسبب رد فعل مباشراً. لم يربط أحد يعمل على هذه الفرضيات بين ذلك والمعلومات المتوافرة عن المستوى العالي للتهديد).

ــ (بينما كان أسامة بن لادن مصمماً على الضرب داخل الولايات المتحدة، اتخذت إجراءات عديدة في الخارج لكن المؤسسات الداخلية لم تعبأ بشكل فاعل).

التوصيات
ــ (يجب أن تجمع استراتيجيتنا بين هدفين: تفكيك تنظيم القاعدة وعلى المدى البعيد دحر الأيديولوجيا التي تساهم في الإرهاب الإسلامي) (...)
على المستوي الدبلوماسي، دعت اللجنة خصوصاً إلى (تفكيك مخابئ) الإرهابيين، و(تعزيز الالتزامات حيال أفغانستان وباكستان)، و(بناء علاقة تذهب أبعد من النفط مع السعودية)، و(نقل المبادئ المثالية الأمريكية إلى العالم الإسلامي والدفاع عنها)، و(تطوير استراتيجية تحالف ضد الإرهاب الإسلامي)، (...) و(تكريس أقصى حد من الجهود لمكافحة انتشار أسلحة الدمار الشامل).

ــ يجب (توحيد مجموعة أجهزة الاستخبارات تحت مدير قومي جديد للاستخبارات( وإحداث مركز وطني لمكافحة الإرهاب (بهدف توحيد الاستخبارات الاستراتيجية والتخطيط العملاني ضد الإرهابيين الإسلاميين على الأراضي الوطنية وفي الخارج على حد سواء).
من الضروري أيضاً إقامة (نظام لتقاسم المعلومات يتجاوز الحدود التقليدية داخل الحكومة)، وزيادة إشراف الكونغرس على مكافحة الإرهاب وتعزيز قدرات مكتب التحقيقات الفدرالي والدفاع عن الأرض.