رفض الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، الموافقة على طلب الجامعة الأمريكية بالقاهرة بتنظيم دورة تدريبية للأئمة والقساوسة تحت سقف واحد، بعنوان: "إنهاء العزل الديني بين رجال الدين وتخفيف الاحتقان الديني والطائفي في الشارع المصري" .

وأكد الطيب أن الإسلام حريص علي التواصل بين الشعوب والديانات الأخرى، لكنه في الوقت ذاته لا يقبل التفريط أو التهاون في معتقداته.

واستنكر الطيب الهجوم غير المبرر الذي شنه بعض الأفراد والمنظمات الغربية "ورجال الدين المسيحي واليهودي" على الإسلام، موضحا أن الأزهر يرفض المشاركة في الدورة التدريبية حتى يبدي الغرب أسفه عما بدر منه من أخطاء بحق الإسلام.

وكانت الأكاديمية اليهودية ومدرسة كليرمونت المسيحية بمدينة كاليفورنيا قد دعتا إلي عقد دورة تدريبية لعلماء الأزهر والقساوسة بحجة "تخفيف الاحتقان الديني والطائفي" في مصر، بمقر الجامعة الأمريكية بالقاهرة، ورصدت لذلك 104 مليون دولار، أي ما يعادل 600 مليون جنيه مصري.  من جهته, قال الدكتور أحمد كمال أبو المجد، نائب رئيس المجلس القومي لحقوق الإنسان سابقًا، إنه كان يتعين على البابا شنودة أن يستخدم "خرطومًا أغزر ماءً من ذلك الذي استخدمه"، في إخماد الأزمة التي أشعلها الأنبا بيشوي، سكرتير المجمع المقدس، بتصريحاته التي اعتبر فيها الأقباط "أصل البلد" وأن المسلمين "ضيوف عليهم"، وزعمه تعرض القرآن الكريم للتحريف.

وكان البابا شنودة أدلى بتصريحات استهدفت محاولة احتواء تداعيات الأزمة التي فجرها الأنبا بيشوي، وقال في مقابلة على جزأين بثها التلفزيون المصري إنه يأسف لشعور الغضب الذي انتاب المسلمين في مصر معربًا عن استعداده "لترضيتهم"، قبل أن ينفي لاحقًا اعتذاره للمسلمين، ما اعتبره مراقبون تراجعًا عن تصريحاته الأولى.

وقال أبو المجد لبرنامج "48 ساعة" على فضائية "المحور": "كنت أتمنى اشتراكه (أي البابا) في إطفاء الحريق بخرطوم أغزر ماءً من الخرطوم الذي استعمله في هذه الأزمة، لأن إطفاء الحرائق في حاجة لرجال مطافي، وإطفاء الحرائق المادية أسهل من الحرائق المعنوية وثورة الغضب".

وعلى الرغم من إشارته إلى محاولات تهدئة الأجواء المحتقنة في مصر بفعل تصريحات الأنبا بيشوي إلا أن أبو المجد يرى أن "أن إطفاء الحريق لم يكتمل بعد.. نعم النار خبت، لكن لابد من الشغل، حتى يختفي الدخان وليس بالزيارات والاتصالات غير المعلنة بل بالمصارحة والمودة، فلابد من المصالحة على مستوى الطرفين لأن الغضب مازال موجودًا"، على حد تعبيره.