اتفق حزب المؤتمر الوطني الحاكم في السودان والحركة الشعبية التي كانت تقود أعمال التمرد في الجنوب, على قانون استفتاء حول حق تقرير مصير الجنوب.

فقد أعلنت الحركة الشعبية أن الفريقين تجاوزا نقاطا وصفتها بالخلافية، مما دفع قوى المعارضة للترحيب بالاتفاق وإن كانت لبعضها تحفظات بشأن نسبة قبول الانفصال المتفق عليها (50% + 1).

غير أن حزب المؤتمر الوطني الحاكم, الذي كان يشترط ثلثي الجنوبيين كحد أدنى للموافقة على الانفصال, اعتبر أن الاتفاق يمثل التزاما واحتراما لمجمل اتفاقية السلام الشامل.

وأكد نائب الرئيس السوداني علي عثمان محمد طه أن اتفاق السلام "ليس كله مصوبا نحو تقرير المصير الذي يمضي للانفصال كما يتبادر للناس، لكنه يشير إلى الالتزام بما تم الاتفاق عليه".

وأضاف: إن حزبه مقتنع بأن ما يجمع بين الشمال والجنوب أكبر مما يفرق بينهما "وبالتالي فإن تقرير المصير هو تحد للإرادة السياسية السودانية", على حد قوله.

ومن جهته, أكد نائب رئيس الحركة الشعبية رياك مشار تغلب الطرفين على "نقاط رئيسية عالقة"، مشيرا إلى توافق رؤى الشريكين في كثير من جوانب القانون.

وقال: إن حركته وافقت على إمكانية مشاركة كافة الجنوبيين في الشمال والجنوب بجانب جنوبيي المهجر "النقطة التي كانت تتحفظ عليها الحركة من قبل".

واعتبر الأمين العام للهيئة النيابية لنواب الحركة الشعبية بالبرلمان توماس واني الاتفاق "غير ملزم لأنه سيخضع للنقاش داخل  أجهزة الحركة الشعبية خاصة فيما يتعلق بمشاركة جنوبيي الشمال والمهجر في عملية الاستفتاء".

 أما عبد الله حسن أحمد, نائب الأمين العام لحزب المؤتمر الشعبي الحاكم, فأكد تأييد حزبه للاتفاق، مشيرا إلى أن قبول المؤتمر الوطني بالنسبة التي أصرت عليها الحركة الشعبية (50% + 1) لقبول نتيجة الاستفتاء للانفصال أو البقاء على الوحدة، يمثل عودة للمنطق والعرف, على حد وصفه.

غير أن حزب البعث العربي في السودان اعتبر أن اختيار نسبة أقل من ثلثي الجنوبيين للتصويت للانفصال يعني أن مجموعة قليلة ستقرر مصير السودان "وذلك بالنظر إلى ظروف الجنوب الحالية واحتمالات ضعف الإقبال على التصويت والتسجيل".

وقال أمينه العام التجاني مصطفى: إن اتفاق الشريكين وعلى الرغم من إيجابياته فإنه ربما يقود البلاد إلى اتجاه غير محمود بفصل الجنوب عن الشمال وبإرادة لا تمثل غالب الإرادة الجنوبية.